Калимантан
Калимантан (Борнео) - один из самых интересных в природном плане островов страны. Национальный парк Бетунг-Керихун (Betung Kerihun, площадь около 8 тыс. кв. км), протянувшийся вдоль малазийской границы, вместе с малазийский заповедником Ланьяк-Энтимау (Lanjak Entimau, площадь 2000 кв. км) образует одну огромную охраняемую зону -Трансбордер-Рейнфорест-Херитаж-оф-Борнео, внесенную в Список природных памятников Всемирного значения ЮНЕСКО). Горные дождевые леса региона содержат около 500 видов высших растений, 300 видов птиц (25 из них эндемичны), по меньшей мере 162 разновидности рыб и около 54 видов млекопитающих, в том числе здесь обитает исчезающий борнейский орангутанг и семь других разновидностей приматов.
Сулавеси
Сулавеси, также известный как "Остров орхидей", представляет собой живописный край высоких гор, туманных долин и озер. Неудивительно, что здесь создано немало интересных заповедников: Богани-Нани-Вартабон (Bogani Nani Wartabone, 2871 кв. км) на полуострове Минахасса - один из крупнейших и разнообразнейших парков страны; Лоре-Линду (Lore Lindu, 2290 кв. км) с огромной популяцией птиц (около 227 видов, 77 из которых эндемичны) и каменными мегалитами, датируемыми XVI веком; заповедник Бантимурунг - Булусарунг (Bantimurung - Bulusaraung) с тысячами экзотических бабочек; Рава-Аопа-Ватумохаи (Rawa Aopa Watumohai, 1050 кв. км) с его 12 природными комплексами и 155 разновидностями птиц (37 из которых эндемичны) и 323 видами растений, а также заповедники Бунакен (Bunaken), Кепулауан-Тогеан (Kepulauan Togean), Кепулауан-Вакатоби (Kepulauan Wakatobi) и Бон-Рат (Bone Rate).
Флорес
Остров Флорес — единственное место в мире, где разрешена охота на китов, Флорес также знаменит тремя разноцветными озерами, дном для которых служит кратер огромного вулкана Кели-Муту. Именно благодаря уникальному химическому составу его пород и постоянным реакциям, палитра озерных вод поражает своей необычностью. Два озера отливают разными оттенками зеленого: изумрудное именуется Тивое-Ноэа-Моери-Коо-Фай, что переводится как «Озеро юношей и девушек», более яркое — Тивое-Ата-Мбоепое, третье имеет черно-красный цвет и называется Тивое-Ата-Поло, что означает «Озеро заколдованных людей».
